自分の正体を知られた剛は、人間でない自分を自ら責め、皆の前から姿を消す。 が、町中で死んだはずの紫苑の姿を見かけ、その後を追ってビルの中に入る。 剛を待っていたかのようにエレベーターへ招き入れる紫苑。 地下深くに降り立った二人は対峙するが、剛の目の前でマントを脱ぎ捨てた紫苑の身体は、半身がガイボーグへと改造されていた。 崖から落ちた時の損傷が酷く、彼女はこの改造によってなんとか生きながらえたのだ。 その事で剛に憎悪を燃やす紫苑だが、ゾディアックの命令で恨みをはらすわけにはいかない。 　紫苑に案内された剛は、そこでクラウンの新しい指揮官、メタルマスターと遭遇する。 と同時にクラウンの真の支配者ゾディアックの存在を知ることになる。 ゾディアックは一度人類を抹殺し、そこで生き残った者、即ち優れた種をファラーで進化させ、強者だけの新世界を建設するという恐ろしい野望を明かし剛を仲間に誘う。 だが人類側に立ち、また兄・将人の事でクラウンを憎む剛は、その誘いをきっぱりと断る。 そこに現れた敵は、ガイファードと同じガイボーグボディにファラーを寄生させた新戦士メタルファード、ドラゴスだった。 強敵の出現に危機に陥る剛だが、ゾディアックは彼に猶予をやると言い残し、紫苑達とともに消える。 一方残された城石達のもとに中野刑事から「怪物」目撃の報告が届けられた。 ファラーがどこかに生き残っていると判断した城石と中野の二人は、目撃地の倉庫周辺でファラーの痕跡を探しはじめるのだった。 　クラウンが存続していた事で城石達が危ないと判断した剛は、急ぎマンションへ帰るが、果たしてその時、倉庫街の城石達にファングが襲いかかっていた……

探索の結果ファラーのかすかな痕跡を見つけた城石と中野の前に、案の定ファングが現れた。 追いつめられた二人だったが、マンションに残されたメモを見て、間一髪到着した剛に助けられる。 一方クラウンでは、ゾディアックがガイファードを仲間に引き入れようと画策していた。 しかし紫苑は、必ず邪魔者になると主張する。 　ある日、帰宅途中の麗に近づく一台の車。メタル紫苑がファラーの隠し場所を探す城石達から剛をひき離すため、陽動作戦に出たのだ。 サーベルで襲いかかる紫苑に、果敢にも素手で立ち向かう麗。 その頃城石達と一緒にいる剛の元に、コマンドサテライトを通して麗の窮地が知らされる。 その後を追って紫苑と対決する剛。剛を激しく恨む紫苑は、彼の目前で麗の腕に切りつけ傷を負わせる。 だが現れた優の機転によりやむなくその場を去った。 　ファラー探索を続ける城石と中野の二人はその置き場所であったらしい場所を見つけるが、そこへドラゴスとファング達が現れ捕まってしまう。 いずこかへ連れ去られそうになったところへ剛が駆けつけた。 目の前で麗が傷つけられた事に怒り心頭の剛は、ガイファードとなってドラゴスと対決するが、ミューティアンより能力の高いメタルファードに苦戦する。 だが最後には極星拳でとどめを刺して勝つ。

拳法は得意な麗も、数学のテストには手も足も出ないようだ。そんな麗の親友さおりは、国立を志望する秀才であった。 だがある学習塾のセミナーに勧誘され、参加した後のさおりの様子がおかしい。 周りに聞いてみると、他にもそのセミナーに参加して様子がおかしくなった生徒がいるらしいことが分かる。 原因を突き止めようと、麗はそのセミナーに潜入したが、実はそこはクラウンが優秀な研究員を得るための施設だった。 逆にクラウンによって囚われ洗脳されてしまう麗。 　当初さおりの変貌を「女の子の気まぐれ」程度に考えていた剛達だったが、翌日麗まで様子がおかしくなった事でクラウンが関係している事を直感し、麗を尾行してセミナーの会場に到着すると、そこにはファングが待ち受けていた。 　ファングを剛に任せ、生徒の解放に向かう城石と優。一方ファングを追って庭へ出た剛に、洗脳された麗が襲いかかる。 本気で向かって来る麗だが、剛に彼女を傷付ける事は出来ない。 次第に劣勢になる剛だが、麗がバランスを崩した瞬間になんとか動きを封じる。 その時、麗を元に戻そうとする剛の思いが、麗が身につけていた洗脳電波受信機を通じて強力な気を逆流させ、クラウンの洗脳装置を破壊した。 　作戦を失敗させられたメタルファードのバトロッドが剛に襲い掛かり、棒術で攻撃してくるが、ガイファードとなった剛の激竜掌で倒された。

バイオテクノロジーの第一人者である黒川博士は、クラウンに利用され、ファラーの高速培養システムを開発させられていた。 彼の娘である真弓は優のクラスメートで、彼の憧れの女の子でもあった。 真弓は父からの便りを楽しみにしていたが、実はそれはクラウンが博士の不在を海外出張に見せかけるため、消印を偽造するなどの手の込んだ偽装工作をしていたものだった。 誕生日プレゼントが遅れているという真弓の相談にのった城石は黒川博士とクラウンの会議で出会った事を思いだし、彼の手紙が偽のエアメールである事を見抜くが、真弓と優には黙っていた。 　その頃黒川は娘会いたさに、研究データを持って研究所から脱出を試みる。しかしクラウンはそれを見越していた。 父親からの連絡に喜び会いに行く真弓に優もついて行くが、クラウンの追っ手により黒川は子供達もろとも再び拉致されてしまう。 　娘を人質にとられた黒川は、その命を救おうとやむなく研究を続けシステムを完成させるが、完成後用無しになった黒川親子は、紫苑の裏切りで抹殺されそうになる。 一方別の部屋に捕らわれていた優は自力で脱出、何とか黒川親子を助けて研究所から逃亡しようとする。 しかしメタルファード・バイケンに先回りされてしまい絶体絶命になる。 　そこへ助けに現れた剛はガイファードに変身してバイケンと闘う。 強力なカマイタチ技に加え分身術まで使うバイケンに苦戦するが、城石と麗の助言により本体を見極めて倒す事ができた。 しかし、黒川親子と優を救い出す事には成功したものの、完成した研究データは、クラウンに持ち去られてしまうのだった。

須藤ミサと名乗るジャーナリストが城石を訪ねて来る。 彼女はＵＲＩ（未確認生物調査隊）というグループに所属しており、仲間と共にファラーやゾディアック、そしてクラウンに関する秘密に行き当たったと話した。 剛はその話から、自分がファラーに寄生されたのは、武者修業で南米付近にいた時だと気づく。 　一方クラウンでもＵＲＩのグループが秘密に気づいた事を察知し、彼らジャーナリスト達の抹殺を落ちこぼれガイボーグＧＸ−９に命じる。 彼は成功報酬に幹部昇進の約束を得てこの任務に当たり、後は須藤ミサ一人を残すのみとなった。 しかしある晩公園で彼女を襲った時、もう少しの所を剛に邪魔され失敗する。 　失敗を非難されるＧＸ−９は、今一度のチャンスを得てミサと剛の抹殺に向った。 監視役の麗と優の目を逃れミサが一人になった所を拉致したＧＸ−９は、剛に挑戦状を残す。 指定場所である廃校では、ミサに母の面影を感じてしまうＧＸ−９が、自分に落ちこぼれの烙印を押した世間を見返すためクラウンに入ったと話すが、ミサは誰もが迷いながら生きているのだから、もっと強くなれと言う。 そこへ現れた剛に戦いを挑むＧＸ−９だが、前の戦いで彼の心の内を垣間見た剛は、本気で戦う気になれなかった。 争う２人がミサのもとを離れた隙を見て、メタルマスターが彼女からデータを奪った。 それに気づいたＧＸ−９はとっさにミサを守るためメタルマスターの前に出るが、メタルマスターの剣に倒された。 自爆スイッチが作動してしまったＧＸ−９は、自分の名前がエイジである事をミサに教えて壮絶な最後を迎えた。 　ガイファードに変身した剛は、メタルマスターからデータを奪い返そうと挑むが、烈火撃さえも通じない相手に苦戦、逃げられてしまう。 ＧＸ−９の最後を見て、彼に同情の念も感じていた剛は、やり場の無い気持ちで「死んでしまったら何もかもお終いだ」とただ叫ぶしかなかった。

城石と剛は帝都医大病院へとやってきた。ここにはファラーのサンプルとその免疫増強力に目を付け研究している村上綾子医師がいるのだった。 二人は彼女がクラウンに狙われると見て彼女に面会しに来たのだが、彼女は実は以前の城石の弟子とも言える後輩でもあり、無言のまま患者さえも放って突然いなくなった城石を批難していた。 城石が彼女の事を剛に話している所へ、彼女の患者だというキヨシ少年がやってきて知り合う。 彼は「遺伝子異常による免疫不全症候群」という難病だった。村上医師は、ファラーの研究を彼の治療に活かしたいと思っているのだ。 　一方クラウン側もここにファラーのサンプルがあることを知り、メタルファード・グローブを送り込み、ファラーを奪い研究者もろとも抹殺しようとする。 駆けつけた剛と、胃カメラを飲むために来ていた中野刑事の活躍によりその場は防いだが、その戦いの中、キヨシ少年が頭に怪我を負ってしまった。 彼には直ちに手術が必要だったが、それにはABRH−という希少な血液型の輸血が至急必要だった。 しかし折からの悪天候のため、血液の輸送車が途中で立往生してしまう。 それを聞いて城石と中野刑事が血液を受け取りに嵐の中を出て行き、優のナビゲーションにも助けられ何とか血液を受け取った。 　制限時間ギリギリに病院へ戻ってくる事ができた２人だが、またもやグローブ始めクラウンが邪魔に入る。 そこへガイファードとなった剛が現れて闘いを引き受ける。血液は無事届けられて手術は開始され、キヨシ少年は一命を取りとめた。 しかし、グローブはガイファードの極星拳によって倒されたものの、その戦いの隙にまたもやメタルマスターが現れてファラーを奪っていってしまった。

科学者塩沢が、細胞分裂を急速に促進させる新薬「アーストリニウム」を開発した。 ファラー発射装置の準備を終えたクラウンは、その薬をファラーの培養に利用できると見て塩沢を狙う。 だがその命を受けた紫苑には、別の思惑があった。紫苑はかつて薬害事故で母を失っていた。 その事故の加害者と言える張本人が塩沢だった。 しかし彼は当時何の咎めも受けず、被害者にとってはやり場の無い怒りが残るだけであった。 母の墓前で何かを決意する紫苑と、それを見てくだらない感情を捨てろと言うメタルマスター。 立ち去るメタルマスターの背中に、紫苑は「あなたには分からないでしょうね」と呟くのだった。 　新薬開発のニュースを見た剛達もクラウンが狙うと予測し、塩沢に警告する。 だが新薬を携えてアメリカへ渡るつもりの塩沢は、自分の警護は絶対だと相手にしない。 そんな塩沢の不遜な態度と金目当てのゴロつきだと思われた事に腹を立てる剛に城石は、発見を守るということは良い人間を守る事に繋がると諭す。 そこへ騒ぎを聞いた中野刑事が現れ、渡米まで塩沢の警護を任されたと告げた。 　中野達の警護の中、塩沢が空港へ向かったが、そこへやはり現れたファング達が塩沢の乗った車を取り囲んだ。 しかしその後続車に乗っていたのは、警官に変装した剛だった。 そしてファングに奪われた研究書類を追う剛の前に、メタルマスターが現れ邪魔される。 剛はガイファードに変身し戦うが、いいようにあしらわれまたもや逃げられてしまった。 　その頃、復讐に燃える紫苑は塩沢を追っていた。そして追いつめた塩沢に向ってナイフを投げるが、その刃は彼を庇った中野刑事の胸に突き刺さる。 駆けつけたガイファードに利用されているだけだと諭される紫苑だったが、彼女はもはや誰の言葉も聞こうとしない。 そしてガイファードの手を振りきりサーベルを手にした紫苑が再び塩沢に向かおうとした時、一発の銃声が鳴り響いた。 それは正当防衛を楯に、塩沢が放ったものだった。苦痛の表情で崩れ落ちる紫苑。 塩沢の凶弾によって倒れた紫苑は、そのままガイファードの腕の中で息をひきとった。

剛達は紫苑のナイフで重傷を負った中野刑事の見舞いに訪れていた。 そこへ警察の死体安置所から紫苑の死体の脳だけが消えたとの報告が入る。 一行は行方を捜すために死体安置所に向ったが、管轄違いだと追い返されてしまう。 剛は夜中に一人で忍び込んで現場を探り、メタルマスターの気の痕跡がある破片を見つける。 一方クラウンでは手に入れた紫苑の脳をコンピューターに接続、ファラー発射プラントの頭脳とし、ファラーの培養も進め着々と準備を整えていた。 　城石は剛の持ち帰った破片を元に、何とかクラウン基地の場所をさぐりあてようと頭を悩ませていた。 剛の一言からヒントを得た城石は電磁波を利用した探索装置を作り、優の助けで人工衛星を利用してとうとう地下秘密基地のありかを見つけた。 早速その地点へ駆けつけた一行の前に、その調査の正しさを裏付けるようにファングが現われ行く手を阻んだ。 その場を剛に任せた城石達は基地への入り口をみつけ、進入していく。 だがすでに発射プラントの準備は終わり、発射のためのカウントダウンが始まっている事を知ると同時に、発射装置に繋がれた紫苑の脳も発見するのだった。 城石は何とか装置を止めようと試みるが、シールドに守られて成す術も無かった。 それを見ていたゾディアックは高笑いと共に自分の存在を彼らに明らかにした。 　一方剛の前にはメタルマスターが現れていた。彼の人間を何とも思っていないといった態度に怒りを覚えた剛は、ガイファードに変身してけりを付けるべく立ち向かって行く。 しかし気のパワーを跳ね返す特殊合金製の剣と強力な技を駆使するメタルマスター相手にガイファードは苦戦する。 負けてたまるかの一念によって最後には何とか勝利を納めたガイファードは、城石達のもとへ向い発射寸前の状況を目前にする。 その時紫苑の思いが協力を示したものか、装置を取り巻くシールドが切れ、それによってガイファードは装置を破壊する事ができた。 　当面の危機を阻む事に成功しながら、しかしクラウンがある限り安心できはしない事を知る剛達は、クラウンの倒れるその最後までやってやると新たな決意を固めるのだった。 彼らの想像通り、ゾディアックは最後の手段として「ダルガのタブレット」を使うしかないと、謎の計画を発動させようとしていた。