麗の元へ、海外で生活する母から手紙が届いた。受験戦争の激しい日本より、こちらでゆったりと勉強しないかと留学を誘う内容に、麗は迷う。 そこへやって来た優とともに、これまでの闘いを思い返す麗。 数々の敵を送り込んでくるクラウンに対し、ガイファードである剛と皆で一致団結で向い、その野望を阻んできた日々を思うとやはりそう簡単には心が決まらないのであった。 　そうしているうちに、買い物に出ていた剛と城石が帰ってきた。新しいゲームを借りたからと、城石とともにパソコンに向かう優。 するとそこに、一通の電子メールが届いていた。 内容は「クラウンが動き出す、気を付けろ」とただ一文、差出人は「ハヤミコウイチ」とあった。 おそらくクラウンの存在を知る者からのメールだと判断した剛たちは、新たな闘いを予感する。 　その頃、何処と知れぬ場所で蠢く影があった。その影こそクラウンの支配者、ゾディアックである。 彼は異端の科学者クザンを従え、メタルファードにダルガの妖気を取り込み、より強力な力を持つガイアソルジャーを生みだした。 そしてさらなる陰謀を巡らすのだった。

突如、天候異変や電波障害が相次いで起こる。 大事には至らなかったが、その原因は、ゾディアックがダルガのタブレットを使ってガイアネットを解放しようとした事の影響であった。 しかしタブレットは封印を解くだけの物で、完全起動には「三種の神器」と呼ばれる物が必要だった。 その一つ「神獣鏡」は、なんと拳王流の本山石動山にあった。 　同じ頃、異変を感じた慈明は、サキに命じて剛を呼び寄せる。 珍しく自分達を労う慈明に、サキは不安を覚えるのだった。 　呼び出しに応じて山を訪れた剛と城石を前にして、慈明はガイアネットを「オロチ」に例えた言い伝えを話し、それが記された「北辰文書」を二人に手渡してこの星を救ってほしいと頼む。 そして二人を「神獣鏡」を奉った祠へと案内するのだった。 　一方石動山へ現れたガイアソルジャー・ルドラは、決界を破って侵入、その気配を感じたサキの知らせにより、悟道・夜叉丸の二人が迎撃に出る。 後を追おうとする剛を止める慈明。彼には「神獣鏡」を手渡さなければならないのだ。 　ルドラの前に立ちふさがる悟道と夜叉丸だが、ファング程度は撃退出来たものの、やはりルドラの敵ではない。 二人の危機を察した剛は、ひとまず鏡を慈明に預け、助けに向かう。その後に、慈明らも続いた。 　鎧気装してルドラと闘う剛だったが、妖気を帯びて強化されたガイアソルジャーに苦戦、追いつめられたところを慈明の気弾が救った。 邪魔者から始末しようとするルドラは慈明を襲う。互角と見えた闘いの中、慈明は木の根に足を取られよろける。 その隙をついたルドラの攻撃についに倒れる慈明。「神獣鏡」もルドラの手に渡った。 　目の前で慈明を倒された事で感情が爆発した剛は、その昂まりでルドラを倒す。 そして苦しい息の下から剛に次期宗師を託した慈明は、静かに息を引き取ったのだった。

ガイアネット起動のための第１のキーアイテムである「神獣鏡」は、クラウンに奪われてしまった。 　石動山から帰った城石達は、残る２つのアイテムの手がかりとなる北辰文書の解読を試みていたが、難解な古文書にはお手上げの状態であった。 ここはやはり専門家に任せるのが一番と、九条財閥が資金援助している「古代史研究所」に持ち込むことにする。 しかし、そこにはすでにクラウンの手が入っていた。以前から所長と意見が対立していた服部副所長を利用し、剛達を待ち受けていたのだった。 村越所長は軟禁され、そうとは知らずやってきた剛達は、解読依頼のため北辰文書を服部に預けてしまう。 人質の解放という条件と考古学者の探求心からか北辰文書の解読を進める村越は、三種の神器の一つである「七星剣」に関するヒントを見出した。 　一方帰り際に窓に映る怪しい影を見た剛は、皆を連れて研究所に戻った。 妙に静まり返った研究所の一室に閉じ込められた所員達を発見した一行の前に、案の定ファングが現れる。 ファングを退けて村越を助けに駆けつけた剛は、所長室でガイアソルジャー・スカラベスに遭遇する。 後を追い屋上へ出て鎧気装した剛は、極星拳も通じないほど硬質な殻をまとったスカラベス相手に闘いあぐねるが、わずかな隙を逃さず爆雷破によって勝利を得た。 　しかし所長室に集まった一行は、すでに七星剣の手掛かりと北辰文書がクラウンに渡ったと知って落胆する。 これからどうすればと沈む彼らに、手掛かりは自分の頭の中に残っていると、村越所長が協力を申し出た。 こうして頼りになる協力者がまた一人仲間に加わったのだった。

村越の協力の下、七星剣探しを続ける剛達はアデスカの剣と呼ばれている古代の剣がそれらしい事を突き止める。 その剣は現在、世界的美術商である久保田照子が所有していた。 ちょうど日本に帰ってきたという久保田に連絡を取るが、すでに買い手が付いていると知らされる。 またしてもクラウンが剛達の先を行き２憶の値で買い取りを申し出ていたのだった。 直接交渉に赴いた剛・城石・村越だが、剛がいきなり４憶という数字を出したため信用されず、交渉は終わってしまった。 　しかしクラウンでは当然正当に金を払って手に入れようなどとは考えていなかった。 それを察した剛達は久保田にボディガードを申し入れるが、虎と呼ばれる専属のガードが今日来日するからと断られる。 しかしなんとか到着までという条件で承諾してもらう。 その頃虎は七星剣を持って日本に到着、久保田画廊に向う途中でファングに襲撃される。 しかし機転によって虎は難を逃れ、無事久保田の元へ七星剣を届ける事ができた。 　到着した虎から七星剣を受け取り、その場を離れようとした助手玲子に対し、「あなたは誰なの？」と疑いの目を向ける久保田。 彼女はその磨かれた鑑定センスで、玲子が本物ではないと見抜いたのだった。 その場にファングを残し逃げ出した玲子を追った剛は、近所の公園で何故か麗と出会う。 訝しむ剛に麗は突然襲い掛かってきた。 手の出せない剛をいいようにあしらって倒した麗は、なんと何も無いように見えた場所から七星剣を取り出した。 それを持って去ろうとする麗に、剣の隠し場所を暴くため倒された振りをしていた剛が詰め寄る。 玲子そして麗に化けていたのは、ガイアソルジャー・ワルキューレだったのだ。 柔らかい体を活かした攻撃を繰り出す相手に、剛はガイファードとなり、苦戦しながらも烈火撃によってとどめをさした。 　そうして七星剣を取り戻した久保田から剛達は、玲子の仇であるクラウンを倒す事を条件として、七星剣を託されたのだった。

ある夜二人の怪しい影が、貸し金庫に預けてあった七星剣を盗んでいく。 しかしその覆面の下から現れた顔は剛とドクターであった。 クラウンの目を欺くために麗や優にも秘密で計画した筋書きだった。 しかし何故かクラウンはこの計画を察知し、ガイアソルジャー・ミノスが帰路に待ち伏せていた。 剛がミノスの相手をする間に車を下げた城石だったが、突然逃走中の強盗犯がやってきて七星剣ごと車を奪われてしまう。 　意気消沈してマンションに戻った剛と城石のもとへ麗が訪れ、自分だけのけ者にしたからだと言う。 しかし優を計画に参加させた覚えはないと、行方を心配する三人。 　その頃当の優は潜り込んでいた車の後部座席から現われ、車を奪った強盗犯をクラウンの一味と勘違いし、飛び掛かっていた。 強盗犯は仕方なく優を拘束し、一緒に連れて逃亡する羽目になる。 　優は何とか七星剣を守ろうと強盗犯の説得や逃亡を試みるが、どれも上手くいかない。 強盗犯は仲間と連絡を取り、日立市のかみねパークで物を渡す段取りを付ける。しかしその仲間はすでにクラウンに利用されていた。 そうとは知らず、かみねパークに到着し仲間を待つ二人をミノスとファングが襲う。 優は七星剣の入ったケースを遠くへ投げさせ、ファング達がそちらへ向った隙に強盗犯を連れて逃げる。 ケースを追うファングだが拾い上げてみると剣は入っていなかった。優が事前に剣を抜いていたのだ。 再び追われる二人はついにファングとミノスに挟まれ逃げ場を失う。 万事休したその時、優の機転から行き先を知り後を追ってきた剛や城石達が助けに現れた。 剛がクラウンの相手をする間に、優達は逃げようとする。が、ファングに追われ、迎撃空しく七星剣は奪われてしまう。 　剛は助けに向おうとするが、ミノスに阻まれる。 そのパワーに翻弄される剛だったが、鎧気装して動きで対抗し、ミノスの一番の武器である角を折り、砕撃蹴で倒した。 　七星剣は奪われたが、今は優の無事が何よりだった。そしてまだ全てが終わった訳ではない事に新たな決意をする彼らであった。

最後のアイテム龍水晶の在処は七星剣に刻まれていた。 写真からそれを読み取った村越は、その地の民話伝承に詳しい恩師、杉野教授に協力を仰ぐ事を提案する。 迅速に行動した方がよいと考える剛は、麗とともに発信機を持って先行する。 　一方クラウンも杉野に目をつけ、すでに留守を狙ってファングとガイアソルジャー・ジャンゴが家捜ししていた。 しかし何の発見もできずに引き上げるところを、帰宅した孫娘の里香が目撃する。 そこへ剛達が話を聞かせて欲しいとやって来るが、里香は頑なになって拒むのだった。 なんとか説得しようとする麗だが、剛はいったん帰ると言う。一度孤独を知った者として、彼女の気持ちを理解していたのだ。 　荒らされた部屋を片づけていた里香は、写真たての中から古びた地図をみつけた。 そこには龍水晶の在処に関係しそうな情報が書かれていた。 それを密かに見張っているコマンドサテライト。と、そこへ再び剛が訪ねてくる。 里香に自分も一人だったが今は信じる人達がいると話すうち、彼女も心を開く。 麗もやってきたところで里香は地図を二人に見せようとしたが、その時ファング達が襲ってきた。 空手有段者である里香も果敢に闘うが、途中で落とした地図をファングに奪われてしまう。 　翌日センサーを持った城石達が合流し、麗がとっさにファングに仕掛けた発信機を頼りに後を追う。 里香も自ら協力を申し出、一緒に行動することになった。 　奪った地図から龍の顎と呼ばれる洞窟の中に龍水晶が隠されていると見当をつけたジャンゴは、ファングを連れて洞窟へやってきた。 入り口の結界は気を吸収できるジャンゴが破り、そして洞窟の中の祠に納められた龍水晶を発見した。 ジャンゴ達が洞窟から出てきたところに剛達が到着し龍水晶を取り返そうとするが、ジャンゴは力ずくで奪えと挑発する。 鎧気装して挑む剛だったが、ジャンゴは今までのガイアソルジャーに比べても格段に強かった。 相手の気を吸収してしまうジャンゴには極星拳も全く効果が無い。 さらにジャンゴはガイファードを捕らえ、気を吸い尽くそうとした。 何とか龍水晶を奪い逃れることができたが、気を消耗した上にファードクリスタルが割れ、鎧気装が解けてしまう。 　必死になって龍水晶を守ろうとする剛だったが、ジャンゴのサンダークローを受けた時、全身がスパークし龍水晶と共に消えてしまった。

ジャンゴはファングに龍水晶を捜索させたが見つからなかった。やはり剛と一緒に消えてしまったようだ。 クザンはガイファードの捜索を行うのと平行して、他にも情報を持っているだろう里香を捕らえるよう命令する。 　一方橋の上から剛の消えるところを目撃した麗や優は、剛が死んだのかと悲嘆に暮れる。 しかし城石は剛の消え方を見て、気のスパークによって何処かにワープしてしまったのだと判断した。そしてそこから帰ってくる出口もあるはずだと考えた。 里香は昔からの言い伝えから湖の反対側にある龍泉洞がそれかもしれないと判断し、一行はそこに望みをかけることにする。 　龍泉洞に向う途中ファングに襲われ、優と里香が攫われてしまう。 捕まえた二人から情報を引き出そうとするジャンゴだったが、何故か途中で二人を置き去りにした。 そして二人は優の身に付けた発信機を頼りに探しにきた城石と麗に助けられた。 　その頃剛は、どことも知れない場所に横たわっていた。そこへ死んだはずの慈明が現れ、もうゆっくり休めと声を掛けた。 それを聞いた剛はまだやる事もある、守るべき人がいると答える。 その決意に慈明は「地球上の様々な命と心を結べ」と教えた。 そうすれば龍水晶を通して大いなる意志が応えてくれると。言われた通り思いを込めた時、龍水晶が剛の身体と重なり光り輝いた。 　竜泉洞に着いた城石達をジャンゴが待ち伏せていた。優が発信機を持っていたのに気付いて泳がせ、ここまで誘導させたのだった。 もう用無しとして、城石達が絶体絶命の危機に陥ったその時、竜泉洞から白煙とともにガイファードが現れた。 ジャンゴが気を吸収しきれないほどにパワーアップしたガイファードのベルトに、龍水晶がはまっている事に気付く里香。 サンダークローも効かないガイファードになすすべも無く、ジャンゴは極星拳によって倒された。 　完全に復活したガイファードに喜ぶ城石達。そして、クラウンの基地ではクザンが龍水晶とガイファードが合体した事に気付いていた。

クザンが派手な行動に出た。 マスコミや学会に向けて、ガイアネットについて公表し始めたのだ。 しかし殆どの所で相手にされず、興味本位のマスコミに注目された程度だった。 その裏で、彼は村越に接触していた。 呼び出しに応じてスタジアムに現れた村越を連れ去ろうとするクザンは、助けに来た城石、麗、優の前にガイボーグを残してその場を離れる。 気絶した三人が絶対絶命と思われた時、黒い戦士が現れた。難なくガイボーグを退ける彼の前に、ガイアソルジャー・ラングールが立ちふさがった。 が、決着の着く前に撤収を命じたクザンと共に、ラングールも消える。クラウンが退いた事を確認し、戦士も無言で去っていった。 その後村越の説明で城石達は、その戦士が極星拳を使った事を知る。 　一方剛は、龍水晶と一体になった事で自分が狙われ、危険が周囲に及ぶのを避けるために姿をくらましていた。 その剛の前にラングールが弟子を連れて現れる。二人を相手に苦戦する剛。 鎧気装をも阻まれ、ついに身動きが出来なくなりとどめを刺されるかという時、敵の背後から忍び寄った者が居た。 それはかつてミューティアンラボ壊滅の時、死んだと思っていた兄、将人であった。 敵の注意がそちらへ向いた事で解放される剛。 ラングールの攻撃で炎に包まれる将人だが、彼はその火の中でデスファードへと変身していた。 同じく鎧気装したガイファードと共にラングール一味と戦うデスファード。 二人の協力により、ラングールと弟子は敗北する。 　脳改造による洗脳が解け、正気を取り戻した将人は、勝利の後「共に戦うために帰って来た」と協力を申し出る。 剛を探して現れた城石達は、村越を救った戦士が将人＝デスファードであった事に気付くのだった。

龍水晶は剛と合体してしまった。 ガイアネット解放のキーアイテムがパワーダウンしている事に焦りを感じたクラウンは、剛を捕らえる事を至上命令として、ガイアソルジャー・ヴァルカノンを送り込む。 一方調査を続けていた村越は、数々の文献に日本が「気の中心」として書かれている事をつきとめる。「黄泉のオロチは大地の気を操る」という。 その場所に関して訪ねられた剛は、将人ならば何かを知っているのではと考える。 　その将人は、クザンから呼び出しを受けてとあるビル屋上に居た。 本気で人類を滅ぼすのかと問う将人に、人類など知った事ではないと答えるクザン。 本題をはぐらかすクザンにじれた将人は腕ずくでガイアネットの場所を聞きだそうとするが、この呼び出しは剛と将人を引き離す罠だった。 ファングを残して逃げるクザンを追う将人。 　その頃マンションでは、麗と優が二人で剛の誕生パーティの準備をしていた。そこへ現れるヴァルカノン。 麗はとっさに通信機のスイッチを入れ車中の剛に知らせるが、剛達が戻った時には優の姿は無く、荒らされた室内に麗が倒れていた。 瀕死の麗を救うため、自らの気を麗に送り込む剛。 麗が回復した時コマンドサテライトが現れ、優のもとへ案内すると告げる。 気を使い果たし疲労した剛だが、構わずＣＳの後を追うのだった。 　倉庫へ到着した剛だが、優はファングに囲まれる中、階上から宙づりになっていた。 お前の心がけ次第で優を助けるというヴァルカノンに、動きの取れない剛。 その時、階上からファングが落ちてくる。デスファードが優を助けたのだ。 この機に鎧気装する剛。極星拳を放つが、ヴァルカノンの斧を使った技デッドホークにかわされる。 そしてなんと、剛の変身が解けてしまった。気を使い果たした事で、ガイファードでいられなくなったのだ。 デスファードが駆けつけ、ヴァルカノンと闘う間に隠れた優と剛の前に、ゾディアックが自ら現れる。 なんとか優を逃がした剛だが、動きがままならない上に格段に強いゾディアックが相手ではどうにもならず、ついに連れ去られてしまう。 ヴァルカノンはデスファードに倒されたのだが…… 　しかしその頃、村越がついにガイアネットの所在をつきとめた。「気の中心」は、霊峰富士にあり！

村越の分析に基づいて、富士を目指す一行。それを追うパトカーがサイレンを鳴らし近づいてくる。 こんな時にと思う城石達の耳に飛び込んできたのは、なんと中野の声だった。 紫苑に負わされた怪我の経過もいいようだ。パトカーの先導で、一路富士山０ポイントへ向かう。 　しかしその頃、すでに剛はキーアイテムとして起動装置に乗せられ、ガイアネットは動き始めようとしていた。 富士に到着した将人達の目の前で、ついに黄泉のオロチが甦る。 一足遅かったが、村越は「もう一度アイテムをセットして封印出来る」と告げる。 その可能性を信じて、ガイアネットへの入り口を探す一行。将人が剛の気を感じる方向へと皆を導くが、そこへやはりファングが現れる。 力を合わせファングと闘う一行だったが、ついにゾディアックが自ら闘うために、デスファードの前へ現れた。 そこを引き受け、デスファードは皆を先へ行かせる。しかしゾディアックは強く、極星拳ですら軽く受け流す。苦しむデスファード。 　一方入り口を見つけ基地内に入った城石達は、ファングやトラップをなんとかかわしながら奥へと進んでいた。 そしてついに起動装置と剛を見つけたが、すでに剛の脈は無かった。 絶望の麗の声を聞いたかのように慈明が現れ、信じる心に龍水晶は応えると告げる。 剛の身体の上に手を重ね、それぞれの思いで祈る城石、中野、村越、優、そして麗。 その心と、一人闘う将人の「剛！」という叫びに、剛はついに起きあがる！ 　将人のもとへかけつけた剛は鎧気装し、今度は二人でゾディアックに挑む。 次第にゾディアックを追い込み、とうとう将人の風花乱舞がゾディアックの仮面を割った。 そして足元が揺らぐゾディアックに向け、兄弟の力を合わせた「連気極星拳」を放ち、ついにゾディアックを倒す。 しかしガイアネットは止まらない。 将人と剛は二人だけで起動装置を止めに行く事を決意する。それが俺達の役目なのだと。 麗に必ず戻ってくると約束し、二人は地下へと入る。しかしそこにはクザンが待っていた。 ガイアネット起動の歓喜にすでに正気を失っていた彼は、ネットを止めさせまいと基地を爆破した。 崩れる柱をぎりぎりで支えた将人は、なんとか剛を先へ行かせる事に成功するが、自らは瓦礫の下へと消える。 起動装置にたどりついた剛は、気を集中させ装置へ飛び、ついにガイアネットの封印に成功する。 　地上で待っていた城石達も、ガイアネットが停止した事を確認した。しかし彼らが次に見つけたのは、剛の曲玉であった。 無言のうちに状況を知る彼ら。 　しかし剛は、将人は必ず帰ってくる。そう約束したのだから。